이 후보자는 지난해 11월12일에는 다른 신문 기고문을 통해 "국정원을 몹쓸 기관으로 일방적으로 매도하는 것은 우리 안보 체계의 근간을 흔드는 위험한 자해 행위로 국정원의 무력화를 줄기차게 노려 온 북한을 결과적으로 돕는 셈"이라며 역시 정치권의 국정원 개혁 움직임을 비판했다.
또 2009년 2월2일 울산대 초빙교수 자격으로 한 언론에 기고한 '용산 참사, 공권력 확립 계기로 삼자'는 제목의 글에서 "용산 사건과 유사한 폭동이 만에 하나 뉴욕이나 파리, 런던 등 다른 선진국 도심에서 발생했다면…"이라며 용산참사를 폭동에 비유했다. 이 후보자는 "불법을 저지른 사람들이 화염병과 시너로 격렬히 저항한 공무집행 방해 케이스"라며 "이번 사태는 졸속진압이나 과잉진압 때문에 발생한 것이 아니라 법 집행의 격렬한 충돌 과정에서 뜻하지 않게 발생한 비극적 우발사고일 뿐"이라고 규정했다. 그는 "김대중 전 대통령까지 나서서 이 비극을 정쟁 거리로 삼으라고 부추기니 다른 선진국에서는 상상할 수 없는 현상이 우리나라에서만 벌어지는 형국"이라면서 "정쟁 거리로 악용해 법치의 근간이 흔들리게 해서는 안 된다"고 주장했다.
과거 기고문들이 논란이 되자 새정치민주연합은 당장 이 후보자를 향해 '부적합한 인사'라며 맹공을 폈다. 김영록 수석대변인은 국회 브리핑에서 "안기부 시절의 공안만능주의적 시각을 가진 편향된 인사로 국정원 개혁을 이끌기에는 매우 부적합하다"며 "국민이 열망하는 국정원 개혁에 부적합한 인사를 국정원장에 임명한 것은 대통령이 국정원 개혁 의지가 전혀 없음을 드러낸 것"이라고 말했다.