한수원은 당초 이번 사건이 해킹에 의한 것이 아니라 내부인사에 의한 정보 유출 사건이라고 주장해 왔다. 한수원 고위 관계자도 "한수원의 정보망은 인터넷과 인트라넷으로 분리됐기 때문에 해킹에서 자유롭다"고 강조한 바 있다. 하지만 악성코드에 의해 한수원 직원 PC가 공격당한 것으로 알려지자 해킹 사실을 숨기기 위해 의도적으로 악성코드 공격 사실을 숨기려 한 것 아니냐는 의혹마저 제기되고 있다.
또한 정보가 추가 공개될 때마다 한수원이 대외비 문서가 아닌 일반적 기술문서라고 주장하고 있지만 아직까지 정보 유출의 심각성을 깨닫지 못하는 것 아니냐는 비판이 거세지고 있다. 소위 국가보안시설이라고 하는 곳에서 해커 공격이든 내부인사에 의한 유출이든, 또 일반 문서이든 기밀문서이든 내부 자료가 이처럼 마구 유출될 수 있느냐는 비판이다.
실제 한수원은 아직까지 자료 유출 경위 조차 밝히지 못하고 있다. 이에 따라 과연 한수원이 내부 기밀 자료를 제대로 관리하고 있는지에 대한 의문도 커지고 있다. 한수원 관계자는 "유출된 정보는 대외기밀문서가 아닌 일반적 기술자료 수준"이라며 "원전 안전과는 무관하다"고 주장하고 있을 뿐이다.
하지만 원전 가동에 필수적인 정보가 얼마나 많이 유출됐는지는 아직 확인되지 않고 있으며, 외부로 유출된 문서가 얼마나 더 공개될지 조차도 파악하지 못하고 있다. 산업통상자원부는 22일 브리핑을 통해 조사결과를 발표할 예정이지만 이미 국민 불안감은 증폭될대로 증폭된 상태다.
이처럼 사태가 커지고 있는데도 한수원 측은 "원전 설계도면 등은 내부 인트라넷망으로만 열람할 수 있기 때문에 외부 해킹 가능성은 낮다"고 해명하고 있지만, 한수원의 일부 PC가 악성코드 공격을 받은 것으로 확인돼 이마저도 장담키 어려운 상황이다. 한수원 일부 임직원들은 당시 한글파일이 첨부된 e메일을 받았는데 첨부파일에는 하드디스크를 파괴하는 악성코드가 담겨 있던 것으로 전해진다. 보안업계는 "일부 직원이 이 파일을 열었을 경우 PC들이 감염되고 내부 주요 문서가 유출됐을 가능성이 있다"며 해킹 가능성을 뒷받침하기도 했다.