그러다 이날 새벽1시쯤 여야는 상위법에 위배되는 정부 시행령에 대한 국회의 시정요구권을 담은 국회법 개정안에 대해 최종 합의하면서 공무원연금법 개정안 등 밀린 법안 처리를 결정지었다.
최종 합의안은 당초 합의대로 '대통령령·총리령·부령 등 행정입법이 법률의 취지 또는 내용에 합치되지 아니하다고 판단되는 경우, 국회가 수정·변경을 요구하고, 수정·변경 요구를 받은 행정기관은 이를 지체 없이 처리하도록 하는 '국회법' 개정안을 처리한다'로 했다.
세월호특별법 시행령 수정과 관련, 농림축산식품해양수산위에 여야 각 3인씩으로 '세월호특별법 시행령 점검소위'를 구성하고, 법률 취지에 맞지 않는 시행령에 대한 개정 요구안을 마련해 6월 임시회 중 상임위 전체회의에서 의결토록 하는 것도 합의사항에 포함됐다.
이와 함께 세월호특별법의 시행일과 특별조사위 위원의 임기 및 위원회 활동기간의 불일치 부분에 대한 정비를 통해 특조위의 활동기간을 보장하는 세월호특별법 개정안을 6월 임시회 내에 처리키로 했다.
여야 협상 과정에서는 특별조사위의 활동 시작 시점을 세월호특별법이 시행된 지난 1월이 아닌 특별조사위가 구성되는 시점으로 조정, 활동 기간을 연장키로 한 것으로 전해졌다. 다만 특별조사위 조사1과장을 민간인으로 배정하자는 새정치민주연합의 요구는 새누리당이 거부했다.
논란이 됐던 문형표 보건복지부 장관의 경우 '공적연금 불신초래' 언행에 대한 유감 표명을 촉구하는 선으로 매듭지어졌다.
여야가 마지막 쟁점이든 국회법 개정안에 합의하면서 다른 법안 57건도 이날 새벽 본회의에서 함께 처리 절차에 들어간다. 여야는 이날 새벽 1시부터 국회운영위 소위와 전체회의를 열어 국회법 개정안 등을 처리했다. 이어 새벽2시쯤 본회의를 열고 처리할 예정이다.