이 교수는 당시 칼럼에서 ‘김대중-노무현 정부의 햇볕정책으로 인해 북한이 핵실험에 성공했다는 사실은 아침이 오면 해가 뜬다는 사실만큼 분명하다. 북한에 전달하는 식량과 현금이 핵 개발로 이어질 것을 알면서 대북 퍼 주기를 계속했다면 이적행위가 될 수 있다’고 주장했다.
이 교수는 그러면서 ‘언제부터인지 우리 사회에선 반역을 단죄하기는커녕 민족이란 허울 좋은 명분을 앞세우고 옹호하는 일이 일상화됐다. 대통령 후보가 돼 노 정권을 심판하겠다는 사람이라면 북핵 개발의 진상을 가려내 잘못된 정책을 밀고 나간 책임자를 처벌하겠다고 빈말이라도 해야 할 것’이라고 적었다.
이 교수는 이같은 칼럼 외에 다른 언론과의 인터뷰에서도 “김대중·노무현 정부의 햇볕정책과 정상회담은 북한 핵 개발에 상당한 도움을 주었기 때문에 결국 실패했다”고 주장했고, “DJ의 첫 번째 정상회담은 이해하지만 노무현 대통령이 북한 핵실험 1년도 안 돼 평양에 갈 필요는 없었다”고 말하기도 했다.
하지만 박영선 원내대표와 문재인 의원은 이 교수를 영입하는 과정에서 합리적·개혁적 보수라고 규정하면서 새정치연합의 외연 확장과 집권을 위해 반드시 영입이 필요한 인물이라고 주장한 바 있다. 이른바 ‘이상돈 논란’이 한창일 때 문 의원은 트위터를 통해 “혁신과 외연확장. 우리당의 재기와 집권을 위해 반드시 잡아야 할 두 마리 토끼”라며 “반대쪽이었던 사람도 합리적 보수라면 함께 할 수 있다고 생각한다”고 밝혔다. 여기서 두 마리는 토끼는 이상돈-안경환 교수를 말한다.
이와 관련 정동영 상임고문은 “이런 부분에 대한 검증이 없었다는 것이 치명적인 잘못”이라면서 “적어도 이 부분에 대한 이상돈 교수의 반성과 사과가 전제되지 않은 상태에서 턱 하고 당의 간판인 대표로 모신다는 발상을 한 것 자체가 잘못됐다”고 비판했다. 정 고문은 그러면서 “문재인 의원은 노무현 대통령의 지근거리에서 보좌했고 남북관계에 대해서도 역할을 했던 분인데, 어떻게 이 교수를 합리적 보수라며 당의 비대위원장으로 영입하는 것에 동의했는지 이해하기 어렵다”고 문 의원을 조준하기도 했다.